Madrasah Aliyah Sultan Agung didirikan pada tahun 1999 yang di prakarsai dan dikelola oleh yayasan pengembangan pendidikan Islam Sultan Agung Sukolilo Pati. MA Sultan Agung didirikan sebagai akibat dari SMU Sultan Agung yang telah didirikan pada tahun 1996 yang di kepalai oleh Drs.Sutomo,diawal berdirinya SMU Sultan Agung mendapat sambutan baik dari kalangan masyarakat sukolilo dari sekitarnya dengan bukti mereka menyekolahkan anaknya kelembaga tersebut pada tahun ajaran 1996/1997 peneriman siswa baru mencapai empat puluhan lebih dan begitu selanjutnya pada tahun ajaran berikutnya.
Pada tahun ajaran 1998/1999 entah kenapa lembaga tersebut mengalami berbagai kendala sehingga Yayasan mengambil kebijakan untuk membubarkannya, sebagai konsekwensinya semua murid SMU Sultan Agung sarankan untuk pindah ke SMA PGRI 02 Kayen dan MA Wali Songo Kayen.
Selang beberapa bulan ada keinginan untuk bangkit, Yayasan Pendidikan Pengembangan Islam Sultan Agung Sukolilo ingin mendirikan sebuah lembaga lagi yang setingkat dengan SMU, akhirnya pada tahun yang sama berdirilah MA Sultan Agung Sukolilo dengan Kepala Madrasah Bapak K.Mustaqim .
Di awal berdirinya MA Sultan Agung kurang mendapatkan tanggapan yang begitu berarti, dengan berbagai daya dan upaya serta optimisme yang tinggi bahwa madrasah ini akan menjadi satu-satunya madrasah yang dapat menjadi unggulan dan favorit di kalangan masyarakat Sukolilo dan sekitarnya, berangkat dari pengenalan kepada masyarakat dan pemerintah akhirnya Madrasah Aliyah Sultan Agaung mendapatkan dukungan. Selain di atas diawal pendiriannya MA Sultan Agung ini banyak sekali kendalanya seperti, input atau jumlah masukan kurang sesuai yang di harapkan, sarana prasarana dan fasilitas yang kurang memadai, namun dengan semangat juang yang tinggi dan penuh keyakinan pada Allah akhirnya sedikit demi sedikit dapat dibenahi dan dipenuhi sehingga MA Sultan Agung ini sudah tidak di ragukan lagi kuwalitasnya bagi masyarakat sukolilo dan sekitarnya.
Secara resmi MA Sultan Agung Sukolilo dibuka dan untuk kali pertamanya menerima siswa baru pada tahun ajaran 1999/2000 pada taggal 17 juli 1999 dan akhirnya pada tanggal itulah ditetapkanya hari jadi MA Sultan Agung Sukolilo.
Pada Tahun pelajaran 2003/2004, Bapak KH. Abdillah Harris Rahmat, BA. Meneruskan kepemimpinanya Bapak K. .Mustaqim menjadi Kepala Madrasah yang kedua. Dibawah kepemimpinan Bapak. KH. Abdillah Harris Rahmat, BA. Sampai sekarang ini banyak mengalami berbagai macam kemajuan diantaranya adalah, meningkatnya jumlah penerimaan siswa baru mulai tahun pelajaran 2004/2005 sampai Tahun pelajaran 2007/2008 semakin meningkat yang semula kelas satu satu rombongan belajar menjadi dua rombongan belajar hingga saat ini jumlah rombongan belajar menjadi lima rombongan belajar meningkat dua kelas dibandingkan tahun-tahun sebelumnya hanya empat rombongan belajar.
Dengan meningkatnya kepercayaan masyarakat kepada lembaga ini, mau tidak mau membawa pengaruh yang sangat signifikan, terutama pada pemenuhan berbagai macam sarana dan media Pembelajaran mulai sudah diadakan untuk membantu mempermudah Bapak/Ibu guru yang melaksanakan pembelajaran di kelas, dan berbagai inovasi dilaksanakan guna meningkatkan mutu dan kualitas pendidikan yang di kelola oleh lembaga tersebut.Kini tanggapan dan kepercayaan dari masyarakat terhadap kualitas MA Sultan Agung sudah tidak di pertanyakan kembali dan mendapatkan tempat di hati masyarakat maupun pemerintah terbukti pada taggal 17 Agustus 2008 lalu MA Sultan Agung diberi kepercayaan untuk menjadi tugas menjadi pasukan pengibar Bendera pada saat HUT RI ke 63 dan hasilnya memuaskan. Disamping itu prestasi demi prestasi mulai diraih ,baik dari segi olah raga, pramuka maupun kesenian, itu semua berkat kerja keras dan kesaling kompakan antara Kepala Madrasah dengan Guru, Guru dengan karyawan dan murid-murid MA Sultan Agung yang bersifat familiar. Dengan sikap familier yang di kembangkan oleh Bapak kepala madrasah ini mendorong semua komponen sekolah untuk berkreasi untuk selalu gigih membangun prestasi.
Sejak berdirinya sampai tahun pelajaran 2008/2009 sekarang ini telah atau baru sembilan kali mengikuti Ujian Akhir Nasional yakni mulai tahun ajaran 2001/2002 sampai degan tahun pelajaran 2008/2009 dengan hasil kelulusan yang membanggakan Allhamdulilah selalu 100%.
Perlu diketahui bahwa MA Sultan Agung Berdiri dibawah naungan yayasan pengembangan pendidikan Islam Sultan Agung Sukolilo yang didirikan pada tahun 1998 yang sampai saat masih Berpegang Teguh dan bersemangat ikut mencerdaskan Anak-anak bangsa ala Ahlussunah Waljamaah yang insya Allah kader-kadernya menjadi kader yang militan dan tangguh serta mampu beradaptasi serta peka terhadap perkembangan jaman, adapun lembaga yang di kelola oleh YAPPI Sultan Agung Adalah Sebsgai Berikut.
a. TK Saultan Agung 01 di Desa Sukolilo
b. TK Sultan Agung 02 di Desa Tengahan Sukolilo
c. TK Sultan Agung 03 di Desa Gadingan Gedung Winong Sukolilo
d. MI Sultan Agung 01 di Desa Sukolilo dengan status terakreditasi B
e. MI Sultan Agung 02 di Desa Tengahan Sukolilo dengan status terakreditasi B
f. MI Sultan Agung 03 di Desa Gadingan Kedung winong Sukolilo dengan status terakreditasi B
g. MTs. Sultan Agung dengan status terakreditasi B
h. SMP Islam Sultan Agung dengan status terakreditasi B
i. MA Sultan Agung dengan status terakreditasi C
j. Pondok pesantren Tahaffudzul Qur’an Sultan Agung di Desa Kasiyan Sukolilo yang di asuh oleh Almukarrom KH. Tho’if Alhafidz.[1]
Untuk menumbuh kembangkan bakat dan minat peserta didik di MA Sultan Agung ini di adakan kegiatan ekstrakurikuler yang dapat menunjang keberhasilan pembelajaran dan sebagai wadah pembinaan peserta didik di luar jam sekolah. Kegiatan itu meliputi dua macam yaitu yang bersifat lahiriah dan batiniah. Kegiatan yang bersifat lahiriah meliputi Marching band, Pramuka, Pencak Silat Pagar Nusa, Khitobah (pidato), sedangkan yang bersifat batiniah seperti, baca kitab kuning yang di selenggarakan setiap bulan suci Ramadan, dan Seni baca Alqur’an, sholat jamaah, Istighosah, membaca Asmaul husna pada awal jam pelajaran. Adapun organisasi yang ada adalah Himpunan Siswa MA Sultan Agung (HIMSA) sebagai ganti OSIS dan juga berdiri Komisariat IPNU-IPPNU Sultan Agung. Selain sebagai alat untuk meningkatkan kualitas pembelajaran diharapkan kegiatan ini bisa menjadi ajang sosialisasi diri untuk menjadi manusia yang mandiri, dewasa dan untuk melatih menjadi orang yang bertanggung jawab, inspiratif, akomodatif, kreatif, inovatif dan lebih mengedepankan kebersamaan dari pada kepentingan pribadi.
Dalam meningkatkan kualitas madrasah mengenai program-program yang menjadi agenda tahunan, MA Sultan Agung mengadakan pertemuan-pertemuan dengan orang tua atau wali murid dan komite madrasah secara periodik minimal dua kali dalam setahun guna sosialisasi dan membahas pemenuhan kebutuhan madrasah untuk meningkatkan layanan pendidikan agar mencapai maksimal dalam arti sesuai dengan kemampuan madrasah. Selain itu madrasah selalu berkomunikasi dengan orang tua siswa dalam hal penanganan dan penanggulangan kenakalan anak–anak sekolah dan waktunya sangat relatif sesuai dengan kebutuhan.
Ada tiga hal yang menjadikan MA Sultan Agung sebagai lembaga pendidikan yang berkualitas yaitu penegakan kedisiplinan, layanan pendidikan yang baik dan berprestasi yang paling penting dari ketiga hal tersebut adalah tentang penegakan disiplin yang dicanangkan oleh lembaga ini, dengan diberlakukannya tata tertib melalui angka penilaian pelanggaran siswa (APPS) dan ditangani oleh tim yang betul-betul intens terhadap perilaku siswa sehingga kedisiplinan di sekolah dapat ditegakkan sebagaimana mestinya dan dibantu dengan layanan pendidikan yang baik secara perlahan prestasi yang diharapkan akan tercapai juga.
Demikian sekelumit tentang sejarah berdirinya Marasah Aliyah Sultan Agung Sukolilo, mudah-mudahan Allah SWT menjadikan MA Sultan Agung sukolilo sebagai wahana pendidikan yang dikaruniai keberkahan dan kemanfaatan. Amin
